С момента основания около 1350 года Коломенской епархии на нынешней территории монастыря располагалась резиденция епископов и архиепископов. Наиболее древним сохранившимся от старой резиденции зданием является нынешний игуменский дом в северной части монастыря напротив Успенского собора. Он был возведён при архиепископе Рафаиле (1618-1652) как церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Упразднили церковь ещё в 1782 году, ныне это неприметное строение, выдержанное в духе ампира. Уже в XVII веке архиерейский дом представлял собой внушительное зрелище. Восторженное описание его покоев, галерей и садов, относящееся к 1650-м годам оставил
Но новым церковным иерархам хотелось большего. Резиденция была полностью перестроена при архиепископе Никите (1682-1704). В 1680 году была возведена Троицкая церковь, являющаяся ныне главным храмом обители. В 1682 на месте прежнего строится новый архиерейский корпус (ныне сестринский корпус), а напротив него – семинарский корпус. В 1777 году первый пострадал от пожара и был восстановлен при участии М.Ф. Казакова, приобретя при этом черты раннего классицизма. Казаков также строит для архиерейского дома ограду с башенками и ворота.
В 1799 году указом Павла I Коломенская епархия упраздняется. Вызвано это решение было плохим состоянием её дел, а также стремлением совместить границы епархий и губерний, соединяя так же и их центры. Коломенский епископ Мефодий переезжает в Тулу и становится первым её епископом, а сама Коломна передаётся в Московскую епархию, глава которой получил титул «митрополит московский и коломенский». Восстановлена Коломенская епархия будет в 1917 году одновременно с возрождением Патриаршества.
Но пока в 1800 году в опустевшую резиденцию митрополит Платон переводит монахов из Голутвина (Богоявленского) монастыря, который с тех пор стал называться Старо-Голутвиным. Это больно ударило по Богоявленскому монастырю, однако альтернативой стало бы превращение резиденции в казармы кирасиров – такие планы вынашивал граф А.А. Аракчеев.
После основания монастыря его облик менялся мало. При архимандрите Арсении в 1823 году возводится церковь во имя преподобного Сергия Радонежского (ныне Покровская), а в 1825 году - 55-метровая колокольня, вторая по высоте в Коломне.
При советской власти Ново-Голутвин монастырь закрывается уже в 1918 году, в его зданиях размещаются организации и предприятия, но службы в Троицкой церкви продолжаются до 1930-х. С 1973 года в монастыре ведутся реставрационные работы, вынашиваются идеи создания в его помещениях музейно-гостиничного комплекса. В 1989 году монастырь был открыт вновь и стал первой женской обителью в Московской епархии. Сейчас тут свыше 90 монахинь и инокинь. На территории имеется сад, огород лекарственных трав. В монастыре разводится редкая порода среднеазиатской овчарки, а также вятские лошади. На рубеже XX и XXI обители подарили верблюда, который до сих пор в ней содержится. В общем, место интересное и необычное, однако монашки довольно строги к туристам, могут даже запретить фотосъёмку.
Никите (1682-1704). В 1680 году была возведена Троицкая церковь, являющаяся ныне главным храмом обители. В 1682 на месте прежнего строится новый архиерейский корпус (ныне сестринский корпус), а напротив него – семинарский корпус. В 1777 году первый пострадал от пожара и был восстановлен при участии М.Ф. Казакова, приобретя при этом черты раннего классицизма. Казаков также строит для архиерейского дома ограду с башенками и ворота.
После основания монастыря его облик менялся мало. При архимандрите Арсении в 1823 году возводится церковь во имя преподобного Сергия Радонежского (ныне Покровская), а в 1825 году - 55-метровая колокольня, вторая по высоте в Коломне.